Con la dissoluzione della DC nel 1994, aderì al Partito Popolare Italiano e, poco dopo, ai Cris iani Democratici Uniti (CDU). E’ stato vicepresidente della Regione Puglia e assessore al Turismo, e nel 1999 venne eletto parlamentare europeo con Forza Italia. Nel 2000, a 30 anni, ha vintole elezioni regionali pugliesi, diventando il più giovane presidente di Regione nella storia della Repubblica Italiana.
Nel 2006, Fitto è stato eletto eletto deputato con Forza Italia e nel 2008 nominato ministro per gli Affari regionali nel governo Berlusconi IV. Durante il suo mandato, nel 2010 ha assunto anche la delega per la Coesione territoriale.
Nel 2014, Fitto è stato rieletto al Parlamento europeo, ha fondato un suo movimento politico, “Conservatori e Riformisti”. Nel 2018, la sua forza politica si è federata con Fratelli d’Italia. .Alle elezioni politiche del 2022, è stato eletto deputato per Fratelli d’Italia e nominato ministro per gli Affari europei, il Sud, le Politiche di coesione e il PNRR nel governo Meloni. Nell’agosto 2024, il Consiglio dei ministri lo ha indicato come commissario europeo.